Durante los últimos años del siglo XVI, los portugueses construyeron un fuerte macizo para proteger el puerto de Mombasa. Diseñado por Giovanni Battista Cairati, Fort Jesus es uno de los ejemplos mejor conservados de la arquitectura militar portuguesa de la época, así como un sitio del Patrimonio Mundial de la UNESCO.
Hoy, la atracción más visitada de Mombasa alberga el Museo Fort Jesus. La colección incluye hallazgos arqueológicos no solo de Fort Jesus, sino también de sitios cercanos. Los aspectos más destacados incluyen una colección de cerámica de la costa de Kenia y lo que queda del San Antonio de Tanna, un artillero portugués que se hundió no muy lejos del fuerte a fines del siglo XVII.