La synagogue Ben Ezra était autrefois un lieu de culte chrétien du nom de l'église El-Shamieen et selon une légende, le bâtiment a été construit à l'endroit exact où Moïse a été trouvé bébé dans son panier. Cependant, lorsque les chrétiens coptes qui en étaient propriétaires n'étaient plus en mesure de payer les impôts annuels imposés par les dirigeants musulmans, ils ont dû vendre l'église. Il a été vendu à Abraham Ben Ezra, qui a acheté le bâtiment en 882 après JC pour 20 000 dinars et l'a transformé en synagogue juive.
La synagogue est devenue un lieu où les juifs nord-africains se rassemblaient pour les grands festivals et où de célèbres rabbins venaient adorer lors de leurs visites au Caire. Puis, lors d'une restauration en 1890, la Geniza la plus célèbre et la plus diversifiée au monde a été trouvée. Dans un espace vide sous le toit, environ 300 000 manuscrits inestimables ont été cachés, une collection qui est maintenant connue sous le nom de Cairo Geniza. Les manuscrits ont depuis longtemps été transférés dans différentes bibliothèques, mais les visiteurs de la synagogue pourront toujours visiter ce lieu d'importance historique et en apprendre davantage sur le Caire copte et juif. En fait, la synagogue Ben Ezra est le site juif le plus visité de la ville et surprend les visiteurs avec les beaux motifs géométriques et floraux dans le style turc.