Au cours des dernières années du XVIe siècle, les Portugais ont construit un fort massif pour protéger le port de Mombasa. Conçu par Giovanni Battista Cairati, le Fort Jesus est l'un des exemples les mieux conservés de l'architecture militaire portugaise de l'époque, ainsi qu'un site du patrimoine mondial de l'UNESCO.
Aujourd'hui, l'attraction la plus visitée de Mombasa abrite le musée Fort Jesus. La collection comprend des découvertes archéologiques non seulement de Fort Jesus, mais également de sites voisins. Les points forts incluent une collection de céramiques de la côte kényane et ce qui reste du San Antonio de Tanna, un artilleur portugais qui a coulé non loin du fort à la fin du XVIIe siècle.