De Ben Ezra-synagoge was vroeger een christelijke plaats van aanbidding met de naam El-Shamieen-kerk en volgens een legende werd het gebouw precies op de plek gebouwd waar Mozes als baby in zijn mand werd gevonden. Maar toen de Koptische christenen die het bezaten, de jaarlijkse belastingen die door de moslimheersers werden opgelegd niet langer konden betalen, moesten ze de kerk verkopen. Het werd verkocht aan Abraham Ben Ezra, die het gebouw in 882 n.Chr. Voor 20.000 dinars kocht en er een Joodse synagoge van maakte.
De synagoge werd een plaats waar Noord-Afrikaanse joden samenkwamen voor grote festivals en beroemde rabbijnen kwamen om te aanbidden tijdens hun bezoeken aan Caïro. Toen, tijdens een restauratie in 1890, werd de beroemdste en meest diverse Geniza ter wereld gevonden. In een lege ruimte onder het dak waren ongeveer 300.000 onschatbare manuscripten verborgen, een verzameling die nu bekend staat als de Cairo Geniza. De manuscripten zijn allang overgebracht naar verschillende bibliotheken, maar bezoekers van de synagoge kunnen nog steeds deze plaats van historisch belang bezoeken en meer te weten komen over Koptisch en Joods Caïro. In feite is de Ben Ezra-synagoge de meest bezochte joodse plek in de stad en verrast hij bezoekers met de prachtige geometrische en bloemmotieven in Turkse stijl.