A sinagoga Ben Ezra costumava ser um local de culto cristão com o nome de Igreja El-Shamieen e, de acordo com uma lenda, o edifício foi construído no local exato onde Moisés foi encontrado quando bebê em sua cesta. No entanto, quando os cristãos coptas que a possuíam não puderam mais pagar os impostos anuais impostos pelos governantes muçulmanos, eles tiveram que vender a igreja. Foi vendido a Abraham Ben Ezra, que comprou o edifício em 882 DC por 20.000 dinares e o transformou em uma sinagoga judaica.
A sinagoga se tornou um lugar onde os judeus do norte da África se reuniam para grandes festivais e rabinos famosos iam adorar em suas visitas ao Cairo. Então, durante uma restauração em 1890, foi encontrada a Geniza mais famosa e diversa do mundo. Em um espaço vazio abaixo do telhado, cerca de 300.000 manuscritos inestimáveis foram escondidos, uma coleção que agora é conhecida como Cairo Geniza. Os manuscritos há muito foram transferidos para diferentes bibliotecas, mas os visitantes da sinagoga ainda poderão visitar este lugar de importância histórica e aprender sobre o Cairo copta e judeu. Na verdade, a Sinagoga Ben Ezra é o local judaico mais visitado da cidade e surpreende os visitantes com os belos padrões geométricos e florais no estilo turco.